Dal 1 Febbraio 2012, con la nascita di TPER Spa, FER è la società che gestisce l'infrastruttura ferroviaria di proprietà regionale.
Il 1 Febbraio 2012 FER ha fatto confluire il suo ramo trasporti contestualmente ad ATC di Bologna in TPER SpA, Trasporto Passeggeri Emilia-Romagna, un'azienda di 2500 dipendenti che serve con i propri autobus i territori di Bologna e Ferrara e produce il 30% del trasporto ferroviario regionale.
TPER Spa ha sede a Bologna in via di Saliceto, 3
FER (Ferrovie Emilia Romagna) è diventata il gestore della rete di proprietà regionale di circa 350 km costituita dalle linee “storiche” prima a gestione commissariale governativa: Parma - Suzzara - Ferrara, Ferrara - Codigoro, Bologna - Portomaggiore, Modena - Sassuolo, (Bologna ) - Casalecchio - Vignola, Reggio Emilia-Guastalla, Reggio Emilia-Sassuolo e Reggio Emilia-Ciano d'Enza. FER è la seconda impresa ferroviaria per estensione di rete.
FER Srl ha sede a Ferrara in via Zandonai, 4